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> また、アンインストーラepuninst.exeは、Program Filesの中以外に正規のインストーラでインストールしたとしたら、正しくアンインストール出来ますか？
他のコンピュータからコピーしたepuninst.exeが動くかどうかは不明です。
ただしインストール時の情報はepuninst.exeに埋め込まれているようで、epuninst.exeを更新せずにファイルを更新しただけですと、バージョンによってファイル数が異なるため、アンインストール時にファイルを認識せずに削除されずに残ってしまいます。

> コマンラインドからでも可能でしょうか？
ダイアログが出るため、コマンドラインからは不可能です。

現状では初回のインストールは手動か自動化ソフト（キー操作やマウス操作を自動化するソフト）を用いて所定の場所に行い、それ以降の更新をバッチファイルで行ってください。
また基本的にアンインストールは行わないか、行う場合はアンインストール後に残ったファイルをバッチファイルなどで削除してください。