もはや最近のファイルマネージャの多くは、ファイルのコピーからアーカイブ化にいたるすべての機能を備えたオールインワン・アプリケーションを目指そうとはしていない。一部には、ファイルマネージャを時代遅れと見る向きもある。多くのディストリビューションはデスクトップにファイルマネージャを含めておらず、ファイルをディレクトリに分けて整理するのにBeagleのような検索ツールを好んで使うユーザもいる、という実情を踏まえての判断だろう。ところが、かなり昔のファイルマネージャでもまだ役に立つし、キー操作とマウス操作のどちらをとるかといった好みにもよるが、一部のユーザにとっては新しいものより使い勝手がよいことさえある。
コマンドライン版ファイルマネージャ
コマンドラインのファイルマネージャを使うのは、時代に逆行しているように思えるかもしれない。コマンドライン版のほとんどは、昔のDOSに付随のNorton Commanderをベースにしたものだ。Midnight CommanderとFD Cloneは、どちらも表示パネルが2つあり、選択したファイルの操作にはファンクションキーかショートカットキーのどちらかを用いる。Midnight Commanderのほうは、青とシアンブルーという配色までNorton Commanderと同じになっている。
コマンドラインのファイルマネージャでは、大量の機能が小さなプログラムに詰め込まれ、FTPクライアントや高度なソート処理のオプションなど、多くのデスクトップ・ファイルマネージャには見当たらない機能を備えていることも多い。なかでもショートカットキーの割り当て機能は徹底的にサポートされており、たとえば、vifmにはviのキー割り当てまでが採り入れられている。たとえほとんどの時間をデスクトップ上で過ごすにせよ、いざというときのために1つくらいはコマンドラインのファイルマネージャも使えるようにしておくべきだろう。幸いにして、それは難しいことではない。
汎用グラフィカル・ファイルマネージャ
Debianのように規模も歴史もあるディストリビューションには、特定のウィンドウマネージャやデスクトップ、あるいは特にGNU/Linuxのために開発されたものではなく、X Window SystemやUNIXライクなOS向けのファイルマネージャのパッケージが十数種類も含まれている。なかにはDesktop File Manager（DFM）のように、現在のGNOMEのスペイシャル表示を連想させるものもある。しかし今のユーザにとって、こうしたファイルマネージャの多くは、ドラッグアンドドロップやフォントのアンチエイリアス処理、CUPSによる印刷といった機能をサポートしていないため、痛々しいほど時代遅れに見える。たとえば、Gentooというファイルマネージャ（同名のディストリビューションと混同しないこと）はASCII文字にしか対応していないため、現状のUTF-8ロケールにある文字の一部が区別できない。
現在入手できるこうした汎用のグラフィカル・ファイルマネージャのほとんどは、程度の差はあれ、対応するコマンドライン版をそのまま引き継いだものだ。emelfmなど、多くはコマンドライン版と同じキー割り当てをサポートしているが、FileRunnerやWorkerのように、途方もなく多様なオプションを各種のボタンを介して扱うものもある。こうした汎用のファイルマネージャと対応するコマンドライン版との大きな違いは、前者には履歴、ブックマーク、MIMEの認識（手動設定による場合もある）、ディレクトリの一覧や各種ファイル属性の表示といった機能が含まれていることだ。
汎用ファイルマネージャは、初めて登場した7、8年前の頃のGNU/Linuxユーザのニーズを反映して、diff、mount、symlinkのようなコマンド向けのオプションが組み込まれている。こうした機能は、最近のファイルマネージャでは削られていることが多い。特に優れているものの1つがTkDeskで、ツリー表示と2つの追加ペイン以外に、よく使われるアプリケーションのための設定可能なフローティングウィンドウも備えている。一般的に言って、ギークほどマウスに頼らない傾向があるため、ギークになるほどこうしたアプリケーションの存在をありがたく感じるだろう。