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　gFTPのインタフェースは大きく3つのセクションに分かれており、上から順に、ツール/接続バー、ファイル転送ウィンドウ、進行状況/ログの表示領域という構成になっている。接続バーはその名が示す通りに、接続用の設定を行う領域である。転送ウィンドウでは、ファイルの管理と転送のすべてを処理する。進行状況/ログの表示領域では、ファイル転送の進行状況および現在のセッションで行われたアクションのログが表示される。

　デフォルトの設定でgFTPを起動すると、左側の転送ウィンドウにはユーザのホームディレクトリが表示され、右側の転送ウィンドウは空欄状態とされる。リモートホストとの接続を確立するには、接続バーで必要な設定を行ってから、接続/切断ボタン（接続バーの左端にあるアイコン）をクリックすればいい。設定に問題がなければ、gFTPによるホストとの接続が実行され、接続したファイルシステムの内容が右側のウィンドウに表示される。ホストとの接続設定をgFTPに記憶させておきたければ、Bookmarks → Add Bookmarkを選択すればよく、必要であればパスワードも含めてブックマークに登録しておくことができる。

　接続確立後のファイル転送は簡単で、対象となるファイルを選択してから、転送ウィンドウの間にある矢印ボタンをクリックすればいい。転送ウィンドウのファイル操作では、ドラッグアンドドロップによるディレクトリ単位の移動をさせることもできる。

gFTPの操作ウィンドウ（クリックで拡大）

　転送が始まると処理すべきファイルが一覧され、転送処理の進み具合が進行状況ペインに表示される。この間、gFTPが具体的にどのような操作を行ってきたかのログも逐次表示されていく。ファイル転送に関しては、転送の停止、特定ファイルのスキップ、ファイル順の変更をすることが可能で、こうした操作については進行状況ペインを右クリックするかツールバーのTransfersメニューを選択することで、実行可能なオプションが一覧される。

　gFTPではローカルおよびリモートのシステムに対して、新規ディレクトリの作成、パーミッションの変更（chmod）、ディレクトリの移動、ファイル/ディレクトリ名の変更、ファイルの閲覧と編集といったファイル管理タスクを実行することもできる。これらのタスクは、転送ウィンドウの右クリックメニューか、ツールバーのLocalおよびRemoteメニューから実行すればいい。

　またこれらのメニューには、ファイルの選択およびフィルタリング用のツールも用意されている。たとえばChange Filespecを使うと正規表現を使ったファイルのフィルタリングを施して、指定条件に一致したファイルだけを転送ウィンドウに表示させることができる。残りのツールはウィンドウ内部でのファイル操作に関するもので、Show selectedで選択ファイル以外の非表示化、Select Allで各ウィンドウにおけるファイルおよびディレクトリの全選択、Select Filesで各ウィンドウにおけるファイルのみの全選択、Deselect Allで選択の解除が行える。なおこうした操作に関しても、個々のタスクを実行するごとに該当するメッセージがウィンドウ下部のログ表示領域に追加されていく。

その他の転送プロトコル

　gFTPが対応しているのはFTPだけではなく、その他にも様々な転送プロトコルを扱うことができる。

　HTTP/HTTPS（Hypertext Transfer Protocol）は、Web関連で使われているプロトコルである。gFTPではこのプロトコルに関する操作として、Webサイトへの接続とブラウジングおよびファイルのダウンロードが行える。ただしgFTPのHTTP転送ツールはディレクトリブラウジングに対応するサイトのみを想定しているため、各種の制限も存在する。たとえば、デフォルトページが設定されていたり、ディレクトリブラウジングが無効化されていたりするサイトでは、ファイル転送ウィンドウに何もファイルが表示されない。またHTTP転送を使用する際にはホストアドレスの前にhttp://と付ける必要はなく、セキュアサイトにアクセスする際には当該サーバのSSL証明書を手動でインストールしなければならない（詳細に関しては各自のOpenSSL設定を参照して頂きたい）。

　SSH（Secure Shell）は、コマンドシェル経由でセキュアなサーバ接続をするためのプロトコルである。SSH転送が有用なケースとしては、FTPが利用できないかその安全性に問題のある環境などが考えられる。

　FSP（File Service Protocol）はファイル転送に用いるUDP（User Datagram Protocol）プロトコルの一種で、主に匿名FTPの代用として使用される。