これを実現する魔法の粉はcoLinuxカーネルだ。coLinuxプロジェクトは、Linuxカーネルの安定リリースをWindows上で実行できるように移植している。つまり、andLinuxは、仮想化ソフトウェアとは異なり、通常のWindowsアプリケーションと同じようにWindowsにインストールされる。
しかし、andLinuxはUbuntuにcoLinuxカーネルを差し込んだだけのものではない。andLinuxの開発者の一人Joachim Gehweilerによると、Xming XサーバとPulseAudioサウンド・サーバーを加え、コンポーネントが協調動作できるようにする必要があったという。
andLinuxには2種類のフレーバーがある。一つは665MBバージョンで、デスクトップ環境はKDE、必要なディスク容量は4.5GB。もう一つは、軽量の143MBバージョンで、デスクトップ環境はXfce、必要なディスク容量は2.5GBだ。インストールに必要なRAMは192MB以上とされているが、Windows自体にも十分なメモリーを用意しておく必要がある。対応しているOSは、Windows 2000/XP/2003/Vistaの32ビット・バージョンのみ。ハードドライブはNTFSファイルシステムでフォーマットされている必要がある。
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両バージョンともWindows実行形式ファイルとして配布されており、実行すると使いやすいandLinuxグラフィカル・インストーラーが起動する。インストールでは、WindowsとLinuxの齟齬を埋めるために必要なことを尋ねられる。たとえば、andLinuxからWindowsファイルにアクセスするためにSambaとCOFS（coLinux File System）のどちらを使うかを尋ね、COFSの方が構成は容易だがファイル名に特殊文字を使いたい場合はSambaを使うようにと忠告してくれる。また、Windowsとの共存関係をレベルアップするために、ファイル・タイプの関連付けの指定や、Windowsの「プログラムから開く」メニューに表示するLinuxアプリケーションを選択するよう求めてくる。
また、coLinuxとWindowsがネットワーク接続を共用するためのTAP-coLinuxネットワーク・アダプターを設定するなど、裏方の構成も行う。こうした処理のほとんどはWindows側のInno Setupスクリプトを使って行われるが、Sambaの設定などLinux側で行う必要のある一部の作業についてはandLinuxの開発者たちが書いたbashとPerlのスクリプトが使われる。
さらに、andLinuxのスタート・メニュー項目とクイック起動アイコンも作成される。andLinuxは、Windowsサービスとしてインストールされる。コンピューターの起動時にandLinuxが自動的に立ち上がるため、ハードウェアによってはWindowsの起動が遅くなることがある。コマンド・プロンプトから起動することもできるが、デスクトップやクイック起動にはandLinuxを起動するためのショートカットやアイコンはない。