これまでのリリースと同様、Fedora 9にも多くのインストール方法が用意されている。そのうちいくつかはFedoraに独特のものだ。ダウンロードページには、32ビット版と64ビット版のDVDおよびCD、それにGNOMEとKDEの両デスクトップ環境のライブメディアも揃っている。あるいは、ブート可能なUSBメモリを作成することもできる。今回から使えるようになったこの方法は、独自のデータを保存することでカスタマイズ済みのインストール環境をずっと残しておける。また、Fedoraの関連プロジェクトUnityから提供されているカスタムスピンも利用できる。どれも気に入らなければ、Revisorを使って独自のインストールイメージを作成すればいいだろう。
Fedora 9には、live-usb-creatorを使ってWindows環境でライブUSBメディアを作成するという手もある。Fedoraプロジェクトのリーダ、Paul Frields氏はUbuntuのWubi対応版の追加には今後も可能性があると述べているが、live-usb-creatorのほうがシンプルな方法に思えるし、ライブCDのような速度の問題があまり見られなかった点は無視できない。このアプリケーションは今のところFedora環境では使えないが、同プロジェクトのページにはそのうち使えるようになると記されている。
ほとんどのユーザは、インストール用のDVD/CDまたはライブメディアからインストールを行うことになるだろう。最短の時間でダウンロードできるライブCDには、最も簡単なインストールプログラムが用意されている。しかし、インストール作業の詳細を選択できないので、熟練ユーザは物足りなく思うかもしれない。
標準のインストール用ディスクでは、Anacondaが使われている。現在も使われているGNU/Linux用のグラフィカルなインストーラとしては、おそらく最古参のものだろう。Fedora 9のAnacondaで以前のバージョンから変わった部分といえば、ext4ファイルシステムへのインストール（このフォーマットが開発途上であること、また各種ツールで部分的にしかサポートされていないことから不安は残るが）とパーティションのサイズ変更ができるようになったことくらいだ。以前のベータ版と比べると、Anacondaにおける無線デバイスのリスト表示が消えている。しかし、リブートして新しいシステムが立ち上がらないと、インストーラによってどのデバイスが検出されたかわからない点はいただけない。それを除けば、Anacondaによるインストールはこれまでのバージョンと同様、初心者による選択項目を最小限に抑えつつ、熟練ユーザ好みのカスタマイズが可能なものになっている。
またFedora 9には、今後のリリースに先駆けて、既存のシステムのアップグレード作業が簡単に行えるウィザードPreUpgradeが付属している。PreUpgradeが現時点で参照しているのはFedoraの開発者向けリポジトリRawhideだけであるが、Fedoraプロジェクトはリリース移行過程に関する曖昧性の解消を約束している。