Puppy 4.00ではユーザインタフェース関連の統一も施されており、これまで用いられてきたGTK+ 1およびTcl/Tkは廃棄され、完全なGTK+ 2ベースのシステムへと刷新されている。これに伴いPuppy開発陣は収録アプリケーション群の入れ換えないしアップグレードを進めており、例えばパーソナルオーガナイザはOsmo、PDFビュワーはePDFView、パーソナルファイナンスマネージャはHomebank、チャットクライアントはPidgin、イメージビュワーはFotox（現在の名称はFotoxx）、オーディオエディタはmhWaveEditといったGTK+ 2系の最新アプリケーションが利用可能となった。その他のPuppy 4.00で取り入れられた新機能としては、SANEおよびGtkamを介したスキャナとデジタルカメラのサポートが挙げられる。
Puppy Linuxは従来よりライブCD形態で提供されており、他のオペレーティングシステムがインストールされているコンピュータであってもそのままPuppyを起動させることができる。またこうしたライブCDからの起動を行った場合、Puppy側からはハードドライブ上の任意のファイルにアクセス可能な状態となるが、Puppyの操作中これらのデータには変更が加えられないよう配慮がされており、ユーザが行った作業結果（デスクトップを含めた諸設定および各種ファイル）はpup_saveというファイルに保存されるようになっている（この仕様の詳細については後で詳しく説明する）。
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| Puppy Linux 4.00 |
今回の試用に私が用いたDell Latitude C600ラップトップマシン（850MHz Pentium IIIおよび384MB RAMを搭載）では、ライブCDからの起動に約2分を要した。起動時の手順としてはキーボードおよびビデオ関連の設定情報を指定する必要があるが、そうした手続きが済むと、壁紙に清々しい海と山の風景をあしらったデスクトップが表示されるようになっている。このデスクトップ画面には、時計、サウンド制御、バッテリモニタ（ラップトップ用）、メモリ残量、CPU使用率のグラフも表示されるが、こうしたPuppyのウィンドウマネージャとして採用されているのがJoe's Window Manager（JWM）である。確かにGNOMEやKDEに比べるとJWMは簡易化されたウィンドウマネージャではあるが、ユーザが通常必要とする機能は一通り取り揃えられており、必要最小限の構成というPuppyのアプローチに合致した選択だと言えるだろう。なおデスクトップ上には各種基本アプリケーションの起動用アイコンが配置されており、これらのアイコン群には個々の用途を示した簡潔な名称が付けられているが、ここに表示されていないアプリケーションに関しても画面左下の“Menu”ボタンから利用できるようになっている。またGetting Started Informationのトップバナーをクリックすると、Puppyでは定番となっているサウンド関連の動作確認を兼ねた犬の鳴き声が再生されるはずである。