InDesignドキュメントをブックに綴じ込む際、ブックは自分が統括することになる各ドキュメントに対し、管理用の情報を書き込みます。
──詰まり、勝手に元本を改変してしまうのです。
アプリケーション上では何ら変化がないように見えても、中身は確実に書き換えられています。
何らかの事情で「元のままの状態を保ったドキュメント」が必要になる事態もないとは言い切れませんから、本ソフトウェアでは、 "~/Documents/Esther/product/InDesign/book/normal" フォルダへと、ドキュメントを複製し、そちらをブックに登録するようにしています。
→ 詳しくは、「ブックを作る」も参照のこと