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ブラウザからダウンロードした圧縮済みアーカイブ内に於いて、元来シンボリックリンクだったファイルは、「何処を指していたのか？」を書き入れられたプレインテキストファイルとして置き換わっています。

これは、Subversionの仕様です。

無論、Subversionでアクセスしたなら起こらない問題です。
何故なら、リポジトリからチェックアウトしたファイルに「シンボリックリンクだった」と思しきテキストファイルが含まれていたなら、Subversionは、それを自動的に元の状態へと復元するからです。

──若しもJavaScript等、プログラムとして実行可能なファイルが、実はシンボリックリンクとして別の場所を参照していた場合、*1当然、圧縮済みアーカイブから取り出されたそれは、中身にプログラムが書かれている訳ではないので、動く筈もありません。

→ 別ページ・「シンボリックリンク」も参照のこと

1. *1実際に、頻繁にあり得るケースである