2.*系以降のJDでは起動引数からURLを受け取る事が出来るので、別のアプリケーション からJDを呼び出してスレッド等を開く事が可能です。
Firefox等で外部アプリケーションを実行するには拡張機能を使用します。
例として、これらの拡張機能やスクリプトを組み合わせる事で実現出来ます。