MsysとCygwinで個別に.bashrcや.profileを持っていると、aliasの設定などをいちいち書き写さないと同じ操作感覚にできません。
少々乱暴ですが、(どこかにバックアップしてから)Cygwin側のディレクトリを消して、Msys側のディレクトリにシンボリックリンクを張れば解決します。
Cygwin Bash Shellを起動して
cd .. rm -rf $USERNAME ln -s <Msysのユーザホームディレクトリのパス> exitとすればOkです。<Msysのユーザホームディレクトリのパス>は、たとえば/cygdrive/c/msys/home/$USERNAMEになるでしょう。
.profileは、以下のようにuname -oの結果次第で分岐するように書けば、PATHの指定方法が違っても吸収できます。
# if running bash
if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then
# include .bashrc if it exists
if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then
. "$HOME/.bashrc"
fi
fi
os=`uname -o`
case $os in
Msys)
i=/c/installed
;;
Cygwin)
i=/cygdrive/c/installed
;;
esac
case $os in
Msys | Cygwin)
p=/opt/iverilog/bin ; [ -d $p ] && PATH="$p:$PATH";
p=/opt/gtkwave/bin ; [ -d $p ] && PATH="$p:$PATH";
p=/opt/zpu/bin ; [ -d $p ] && PATH="$p:$PATH";
p=/opt/zpugcc/bin ; [ -d $p ] && PATH="$p:$PATH";
p=$i/git/bin ; [ -d $p ] && PATH="$PATH:$p";
p=$i/ruby187/bin ; [ -d $p ] && PATH="$PATH:$p";
;;
GNU/Linux)
p=$HOME/microblaze-fdt/tools/bin ; [ -d $p ] && PATH="$p:$PATH";
;;
esac
p=$HOME/bin ; [ -d $p ] && PATH="$p:$PATH";
unset p
unset i
unset os
Msysのインストールディレクトリの、/etc/fstabを、以下のように記述します。
#win32_Path Mount_Point c: /cygdrive/c d: /cygdrive/d
cd / ln -s /cygdrive/c c ln -s /cygdrive/d d