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2168 projects in result set
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LastUpdate: 2014-05-25 18:14

SimThyr

!SimThyr は下垂体-甲状腺系のフィードバック制御のための連続的なシミュレーション プログラムです。このプログラムのアプリケーションは、生物学、医学、看護師、および患者の仮説の開発と学生の教育を含む研究をカバーします。

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LastUpdate: 2014-08-15 12:00

APBS

APBSは、広範囲な長さのスケールの分子溶質間の静電相互作用をを記述する連続体モデルのための、ポアソン・ボルツマン方程式の数値解法のソフトウェアパッケージです。http://apbs.sf.net/

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LastUpdate: 2003-11-25 14:22

RTLab

RTLab RT[/projects/freshmeat_linux/ Linux] RTAI ベース データ集録や制御アプリケーションです。それは実験者設計とを支援 RTAI または RTLinux によって提供されるサービスより高い抽象化を使用して、ハード リアルタイム制御の試みについて実装する設計されています。それは 2 つの部分に分割されます。1 つは (qt) 書かれたのアナログ入力の電圧データを集録し、画面に表示する設計されている DAQSystem と呼ばれるリファレンス アプリケーションを実装する C++ クラスのユーザ空間のシリーズです。DAQSystem は、rtlab.o、RTLab の 2 番目の部分であるリアルタイム カーネル モジュールと通信します。Rtlab.o リアルタイム カーネル部分は RTLinux または RTAI に読み込まれ、データ集録やリアルタイム制御の目的のための COMEDI ハードウェアを駆動するための責任はカーネル モジュールです。モジュール拡張機能があり 'プラグイン' 建築の科学者は、C プログラマがカスタム実験ロジックの既存のフレームワークを簡単に活用できるようにします。実験のロジックは、カーネルの各スキャン rtlab.o COMEDI ハードウェアから取得のために戻って呼び出されるモジュールを記述して指定されます。さらに、データ可視化機能とストレージ機能はユーザ空間でハードウェアから付属で即座にアナログ入力データのグラフィカルなプロットを見ることができる実験者が存在します。

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LastUpdate: 2006-04-19 07:57

DNALinux

DNA[/projects/freshmeat_linux/ Linux] はプリロード バイオインフォマティクス ソフトウェアとライブの Linux ディストリビューションです。人者見つけるエンボス、Primer3、ブラスト、および生物情報学の他のソフトウェアをインストールするは難しい、またはクラスやデモンストレーションの目的のためのテスト システムを作りたい方のためです。

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LastUpdate: 2007-03-03 03:42

JOELib/JOELib2

JOELib/JOELib2 は知性の構造の調査、記述子計算をサポートするケモインフォマティックス ライブラリ処理/フィルタ リング パイプ、およびさまざまな化学ファイル形式の変換です。それは 100 % 純粋な Java で書かれていると外部プログラム (例えば Ghemical) へのインターフェイスが使用できます。

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LastUpdate: 2008-04-02 20:14

mpiBLAST

次は、NCBI ブラストの MPI による並列化です。Formatdb と blastall mpi のインストールされているコンピューターのクラスター上で並列にブラスト ジョブを実行するバージョンに置き換えるプログラムのペアで構成されます。伝統的なブラスト対次を使用する 2 つの主な利点があります。最初に、次は、クラスター内ノード間でデータベースを分割します。データベースの各ノードのセグメントは小さいため、バッファー キャッシュのディスク I/O の除去のための大幅なスピードアップを降伏に通常配置できます。第二に、ブラスト ユーザー プロセッサ間通信の需要が低いので効率的、低コストの Beowulf クラスターを活用することができます。次は、データベースが大きすぎて RAM におよび他の状況で線形スピードアップ近くに合う状況で超線形の速度向上を実現します。専用のクラスターは必要ありません。

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LastUpdate: 2011-02-24 21:50

PathVisio

!PathVisio は生物学的経路図ですべてを行うことができます、バイオインフォマティクス ツールです。!PathVisio 生体情報を整理して、提示またはその情報を簡単に発行できます。作成、経路の描画し多くのイメージ形式にエクスポート、Ensembl、Entrez 検体などのオンライン生物データベースへのリンクで注釈を付けます、pubmed から、コメント、参考文献を追加およびをすることができます。!PathVisio では、高スループット経路において実験データをソートすることもできます。これは大規模なテーブルのデータを提示するはるかに快適な方法です。マイクロ アレイ、プロテオミクス、メタボロミクス データをインポートすることができます。!PathVisio は新しい解析のタイプ、新しい可視化手法と新しい経路形式をカスタマイズすることができますプラグインのインターフェイスを持っています。!PathVisio は !WikiPathways と互換性があります。

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Natural Language: English
Operating System: OS Independent
Programming Language: Java
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LastUpdate: 2015-01-15 00:23

Systems Biology Markup Language (SBML)

システム生物学のマークアップ言語 (SBML) はシステム生物学における計算モデルを表現するための XML ベースの記述言語です。詳細についてはプロジェクトの web サイトを参照してください。

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Development Status: 5 - Production/Stable
Intended Audience: Science/Research
Natural Language: English
Operating System: OS Independent
Programming Language: C, C++, Java, MATLAB, Perl, Ruby
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LastUpdate: 2008-02-28 04:56

Magic Garden

Magic Gardenは、人工植物の研究室です。Lシステムの植物を作成し、それらをリアルタイムで変更することができます。OpenGLサポートの追加、アニメーション、何種類かの庭エディタが計画されています。

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LastUpdate: 2003-05-13 17:02

Taverna

Tavernaは、純Javaオブジェクトモデル、モデルの事前準備のためのパーサー、( ワークフローを対応アプリケーションにドロップするためのSwingコンポーネントを含む)ビューとコントローラのセットを備えたScufl(簡易概念統一フロー言語)と呼ばれる高級言語を含むワークフロー制定と記述コンポーネントのコレクションです。実際にワークフローを実行するため、myGridワークフロー制定エンジンも必要です。

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LastUpdate: 2004-01-31 11:30

Brook for GPUs

Brook for GPUsは、現代的なグラフィックハードウェアに対応した Brook ストリーム処理用プログラミング言語のコンパイラとランタイムの実装です。このプロジェクトの目的は GPU上の一般的プログラミングをデモンストレートすることと、GPU上でアプリケーションを走らせたい開発者向けに役に立つツールを提供すること、ストリーム処理用言語のプログラミングモデル、ストリーミングアプリケーション、システム実装を研究することです。

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LastUpdate: 2004-11-01 22:48

AntFlow

ホットフォルダーのパイプラインを使用してシステムの自動化を簡素化する新しいアプローチを提供する [/projects/freshmeat_apache/ Apache] Ant の !AntFlow に基づいて、特定のタスクを実行するために一緒に連鎖。XML を使用して、データ転送、暗号化、またはローカル システム上のディレクトリで処理する XML など自動化されたタスクに関連付けられます。ファイルがコピーまたはホット フォルダーに書き込まれる、ときに関連付けられているタスクが実行され、ファイルはさらに処理するため、パイプライン内の次のホット フォルダーに移動します。

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LastUpdate: 2007-05-21 21:44

Python Macromolecular Library

Python 高分子ライブラリ (mmLib) は、ソフトウェア ・ ツールキットと解析ルーチンのライブラリと高分子構造モデルでは、Python プログラミング言語で実装されている操作。それは、階層型、オブジェクト指向のアプリケーション プログラミング インターフェイス経由でアクセス mmCIF、PDB、および MTZ ファイルは、図書館の原子要素およびモノマー、生体高分子および OpenGL 分子ビューアーを記述する、オブジェクト指向のデータ構造を解析するための有用なソフトウェア コンポーネントの範囲を提供しています。!MmLib データ モデルは、NMR 蛋白質結晶構造解析のための高度なアプリケーション プログラムの実装に必要な詳細の様々 なレベルに簡単にアクセスを提供するために設計されています、モデリングおよび可視化します。これは蛋白質、DNA、アミノ酸および核酸のための特別なクラスが含まれます。

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LastUpdate: 2012-07-20 22:10

REMITT

REMITT 電子医療情報等の翻訳とトランス ミッションは、スタンドアロンの電子医療課金ソリューションです。任意の特定の電子医療記録 (EMR) または練習管理 (PM) システムから独立して動作し、その API を実装する任意の電子カルテまたは PM システムとインタ フェースすることができます。これを行うに最初のシステムは、FreeMED です。

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LastUpdate: 2015-01-30 09:46

BBMap

このパッケージには、BBMap には、短いリードのアライナ、様々 な他 bioinformatic ツールが含まれます。それは純粋な Java で書かれて任意のプラットフォーム上で実行することができ、持たない依存関係よりもインストールされている Java (Java 7 向けにコンパイルされたが、再コンパイルして実行できる Java 6 に)。すべてのツールは、効率的かつマルチ スレッドです。BBMap: 短い DNA と RNA seq データのアライナを読みます。足場の何百万と任意の大きさのゲノムを扱うことができます。イルミナ, !PacBio, 454、およびその他の読み取りを処理します。非常に高い感度とエラーと大多数の indels の耐性。BBNorm: 造営尺度に基づく誤り訂正と正規化ツールです。ターゲット パーセント id を共有して重複している、または含まれるサブシーケンスを重複除外: アセンブリ簡素化されます。フォーマット: 再フォーマットを読み取ります fasta と fastq、スカーフ、fasta + qual、サム。インターリーブ/ペア;ASCII 33/64、以上 500 MB/s. BBDuk で: フィルターまたはトリム アーティファクト/汚染ファイルに造営尺度試合で読み取ります。共同ゲノム研究所によって使用されます。

(Automatic Translation)
Development Status: 5 - Production/Stable
Intended Audience: Science/Research
Natural Language: English
Operating System: BSD, SunOS/Solaris, Windows, Windows XP
Programming Language: Java
User Interface: Console/Terminal