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Brabosphereプロパティと、システムの可視化の分子立体れているプログラムです。その名はフロントエンドのグラフィカルなプログラムの量子力学で得られるのパッケージ、ブラボとしてそれが動作します。それは受け入れすることができますのも、これもされる使用に起因するデータの可視化と分析タイプのアプリケーションはなる機械その他の量子計算から、結果そう。

ハンセン病患者は、（レイジー-構造活性相関）構造の化学活動の毒性予測のためのツールです。ハンセン病患者は、データの毒性実験でデータベース派生予測から。これは、構造類似化合物とのデータベースの検索で、活動の測定から計算予測。

PyMOlyzeを分析。次の計算）（DFTの化学はグラフィカルなプログラムのための分析結果を量子フラグメント分子定義されている利用可能ユーザ：マリケン人口分析（MPA）は、Cの2乗人口分析（日光州）、オーバーラップ人口分析、メイヤーのボンドオーダー。サポートされて品質管理パッケージは、ADF、GAMESSのガウス（米国）、GAMESSの（英国）、およびPCGAMESS。

インディゴは普遍的な有機化学のツールキットです。これは、エンドユーザーのためのツールだけでなく、開発者のための文書化されたAPIが含まれています。これは、GGAのソフトウェアサービスが独自に開発したアルゴリズムの数を、同様にいくつかの標準はよくケムインフォマティクスの世界では知られているアルゴリズムとして組み込まれてケムインフォマティクスライブラリに基づいています。 APIは、開発者は、C / Javaでは/ C＃の/ Pythonのプロジェクトにインディゴを統合することができます。二インディゴベースのJava GUIアプリケーションが用意されています：Legio（コンビナトリアルケミストリー）とchemdiff（二SDFまたはSMILESのファイルを視覚的に比較）。プレーンなCで書かれた三インディゴベースのコマンドラインユーティリティが用意されています：藍は、（分子と反応レンダリングユーティリティ）藍にconnect（正規SMILESのジェネレータ）を描写し、藍をアールデコ調（共和党、グループデコンボリューションユーティリティ）。

Avogadroは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、およびそれらの関連分野で使用するための高度でクロスプラットフォームな分子エディタです。柔軟なレンダリングのフレームワークと強力なプラグインアーキテクチャを提供しています。

Jmolは、Javaで作成された分子の3次元の化学構造を表示するためのプログラムです。さまざまな形式の構造データ・ファイルや量子化学計算プログラムによる出力結果及び複数フレームのアニメーション・ファイルや量子化学計算プログラムで計算された基準振動モードを読み込みむことができます。

Kemistryは環境Kデスクトップです用に書かれたコレクションの化学アプリケーション。アプリケーションのほとんどのアプリケーションは、単にX11の既存のポートにKDEを。

GKrellF @ HはクライアントですGKrellMを1.2.xのホーム@プラグインを監視折りたたみ。これは、折り畳まれて分子の名前を表示するよう設定することができますが、および進捗状況、作業ユニットを介して作業単位のダウンロード時間。これは、起動をサポートし、クライアントを停止するのFolding @ホーム完了し、装置はオプションで実行するコマンドを作業。

しかめ面は、アルゴリズムと関連する、化学開発の急速なケモインフォマティクスはツールキットを対象に向かって。

ODPdomシンプルをDOM（Document Object Model）のパーサーです。これは大規模なXMLファイルを処理することができます。

PhosphoFindは位置とモード陰性で、リフレクトロン正からタンパク質を定量化リン酸化ペプチドとリフレクトロンは、セットの4つのMALDI質量スペクトル実行のリニア正、線形負性。

PFMDアルゴリズムは分子動力学潜在的な適用に解離手段による流体分極プログラムのシミュレート液体の状態を。現在サポートされて分子が水です（H2O）とMX3、ここで、Mは、XとGa金属分野の間でアルミニウム、鉄、またはI、またはBrであるハロゲン間のCl、

kfile_chemicalは、ドキュメントの化学メタデータを抽出するデスクトップですセットのKDE用kfileプラグイン。このメタデータはカットのようなエンジンの検索に使用で、デスクトップすることができます。これは、ファイルをサポートしてPDBの、MDLのモル/ SDをCMLの、ShelX、およびCIFの。

chemicalInventoryは在庫の管理化学ツールで、インテリジェントです。あなたは、検索テキスト下部見つけれ化学物質を介して、または、棚の場所をチェックコンテナを外で管理コンテナまたはユーザーとの間のコンテナに転送します。

PyVib2のスペクトル（VCD）の二色性振動循環し、許可（許可により自動相関の振動運動の分子、理解活動のラマン、ラマン光ROAの）、赤外線振動吸収（IR）を。振動運動の表現用途が広く、機能のPyVib2ている可視化手法のROAのとIR / /ラマンがVCDの生成生産との分子、スペクトル品質出版の。直接開くことが出力ファイルのラマンは/ ROAのとIR情報/ガウスやVCDの計算、生産とダルトン量子ことができる、化学パッケージ。ファイルの形式でモールデンとXMol XYZのインポートおよびエクスポートできます。のフォーマット、さまざまな（をJPEG、TIFF、PNG形式、PNMはは、PS、PDFファイル、アニメーションGIF、および外套）の結果をしている可能保存するためのユーザー。すべての機能は、ライブラリ、クラスのアクセスを介してpyviblib。

ケミカルは、MySQL データベース内の化学データを処理することを許可する関数のセットを提供する拡張です。

Chemkitは、C + +ライブラリ分子モデリング、化学情報、分子可視化しています。

Mathlabおよびオクターブツールボックスには、分析分離技術のハイフンのデータを分析する

Javaデータ処理プロジェクトは、/強度がスキャンまたはスペクトル時間などの科学的なデータを含むテキストファイルを操作することを目的とする。 Jdpp可能なすべての持続時間と日付の形式を読み取るに大きな柔軟性を提供します。これは、MSデータを治療するために設計出身です。