Tickets List - MAGRO: MCMC Another Gibbs Sampler on SourceForge.JP

配列変数の引数に配列変数があると正しく動作しない - MAGRO: MCMC Another Gibbs Sampler Ticket #21093 on SourceForge.JP

Sun, 14 Mar 2010 17:22:36 +0900

配列変数の引数に配列変数があると正しく動作しない

Open Date: 2010-03-14 17:20

Last Update: 2010-03-14 17:22

Reporter:	udawtr	Owner:	udawtr
Priority:	5 - Medium	MileStone:	(None)
Type:	Bugs	Severity:	7
Component:	(None)	Status:	Open [Owner assigned]
Resolution	None

Details

配列変数の引数に配列変数がある、次のような式が実行できない。

x[i] ~ dbern(q);
W[i] ~ dbern( phi[x1[i], d1[i]]);

この場合では、phi変数のシンボルを解決する際に、x1[i] を参照するが、

x1[i]は確率変数であるため、実行時にしか決定できなず、解決に失敗する。

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2010-03-14 17:22 Update by: udawtr

Details Updated

ポアソン分布 - MAGRO: MCMC Another Gibbs Sampler Ticket #21077 on SourceForge.JP

Sun, 14 Mar 2010 17:14:30 +0900

ポアソン分布

Open Date: 2010-03-12 21:47

Last Update: 2010-03-14 17:14

Reporter:	udawtr	Owner:	udawtr
Priority:	5 - Medium	MileStone:	(None)
Type:	Feature Requests	Severity:	5 - Medium
Component:	(None)	Status:	Open [Owner assigned]
Resolution	None

Details

ポアソン分布を利用可能にすべきでしょうか。

ポアソン分布は離散型なので、離散型スライスサンプラーの実装が必要です。

また、ポアソン分布の自然共役サンプラーを実装すべきでしょうか。

Last Update of this Ticket

2010-03-14 17:14 Update by: udawtr

Owner Update from (None) to udawtr.

Comment

実装します

生成コードのサンプラーの集約 - MAGRO: MCMC Another Gibbs Sampler Ticket #21076 on SourceForge.JP

Fri, 12 Mar 2010 21:41:14 +0900

生成コードのサンプラーの集約

Open Date: 2010-03-12 21:38

Last Update: 2010-03-12 21:41

Reporter:	udawtr	Owner:	(None)
Priority:	5 - Medium	MileStone:	(None)
Type:	Feature Requests	Severity:	5 - Medium
Component:	(None)	Status:	Open
Resolution	None

Details

コード生成機能によって生成されたコードには、入力されたモデルで必要なすべてのサンプラーが実装されている。

しかし、データ数の増加するとサンプラーも増えるため、大量のデータを入力するとソースコードが肥大化する。

実行速度を落とすことなく集約出来るサンプラーは集約したほうがよいのではないか。

ご意見がございましたら、コメントを記入いただけると助かります。

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2010-03-12 21:41 Update by: udawtr

Details Updated

動作環境にWindowsを追加 - MAGRO: MCMC Another Gibbs Sampler Ticket #21039 on SourceForge.JP

Fri, 12 Mar 2010 17:18:10 +0900

動作環境にWindowsを追加

Open Date: 2010-03-10 13:31

Last Update: 2010-03-12 17:18

Reporter:	udawtr	Owner:	udawtr
Priority:	5 - Medium	MileStone:	(None)
Type:	Feature Requests	Severity:	5 - Medium
Component:	(None)	Status:	Closed
Resolution	None

Details

Windows でコンパイルできるようにする。

ClearSilver

そのためには、ClearSilverを何とかする必要がある。

ClearSilverのPython+CGIで使うことに主眼がおかれており、単純なテンプレートエンジンとしてCから使うことの障害と感じる。

ClearSilverはNew BSD Licenseであるため、ClearSilverからMAGROに不要な機能を削ぎ落したバージョンを作成し、MAGROに組み込む。

これによって、MAGROはGCC以外の影響を受けなくなるので、Windowsへのポーティングが行い易くなると考えられる。

コンパイラ基盤

Windowsでの利用においては、Cygwin/mingwを利用することは避ける。

Windowsには標準でコンパイラ基盤が付属しないため、別途 VisualC++が利用出来ることを前提とした設計とする。

また、MAGROそれ自体のコンパイルもVisualC++で行えるようにプロジェクトファイルを作成することとする。

以上の方針にご意見等ありましたら、コメントをいただけると助かります。

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2010-03-12 17:18 Update by: udawtr

Ticket Close date set to 2010-03-12 17:18
Status Update from Open to Closed.

Comment

Ver 0.1.5 で Windows対応になりました。

Mac OS X 10.6.2 の GCCで -O3 コンパイルすると動作しない - MAGRO: MCMC Another Gibbs Sampler Ticket #21032 on SourceForge.JP

Wed, 10 Mar 2010 20:17:46 +0900

Mac OS X 10.6.2 の GCCで -O3 コンパイルすると動作しない

Open Date: 2010-03-09 09:52

Last Update: 2010-03-10 20:17

Reporter:	udawtr	Owner:	udawtr
Priority:	1 - Lowest	MileStone:	(None)
Type:	Bugs	Severity:	3
Component:	(None)	Status:	Closed
Resolution	None

Details

Mac OS X 10.6.2 環境下で、GCCの最適化オプションをつけてコンパイルすると実行時にエラーになる。

発生した環境では、GCC 4.2.1

なお、同一ソースでLinux (Fedora12)にて最適化コンパイル時には問題は発生しない。

確認したFedora12のGCCのバージョンは 4.4.3

Last Update of this Ticket

2010-03-12 12:12 Update by: itohi

Comment

すみません。後の方のvolatileは不要でした。

「使い方」にある記述ミス - MAGRO: MCMC Another Gibbs Sampler Ticket #21034 on SourceForge.JP

Wed, 10 Mar 2010 09:14:51 +0900

「使い方」にある記述ミス

Open Date: 2010-03-09 16:29

Last Update: 2010-03-10 09:14

Reporter:	noryanzu	Owner:	udawtr
Priority:	5 - Medium	MileStone:	(None)
Type:	Bugs	Severity:	5 - Medium
Component:	(None)	Status:	Closed
Resolution	None

Details

Wataru Uda 様

すばらしいソフトウェアを開発していただきありがとうございます。説明ページの「使い方 - とりあえず使う」に従っても、結果が得られないことが分かりましたので報告します。

ページには、

library(rmagro) data <- list( x <- c(1, 2, 3, 4, 5), y <- c(1, 3, 3, 3, 5), N <- 5 ) x <- magro.samples("model.bug", 2000, 500, list.data=data, monitor=c("x1", "x2", "x3", "x4"), n.chain=3) summary(x) plot(x)

というコードがあるのですが、データを格納するリストのコードは、

data <- list( x = c(1, 2, 3, 4, 5), y = c(1, 3, 3, 3, 5), N = 5 )

にしなければなりません。

また、BUGS code は、 model {

for (i in 1:N) {

mui <- alpha + beta*(xi - x.bar); Yi ~ dnorm(mui,tau);

} x.bar <- mean(x[]); alpha ~ dnorm(0.0,1.0E-4); beta ~ dnorm(0.0,1.0E-4); tau ~ dgamma(1.0E-3,1.0E-3); sigma ~ 1.0/sqrt(tau);

}

とありますが、末尾の

sigma ~ 1.0/sqrt(tau);

は、

sigma <- 1.0/sqrt(tau);

としないと走りません。

以上です。今後のバージョンアップ(特に、とりあえずはポアソン分布の実装)にも期待しています。

Last Update of this Ticket

2010-03-10 09:14 Update by: udawtr

Comment

noryanzu への返信

もうひとつ指摘するのを忘れてました。 monitor=c("alpha","beta","tau") とかにしないと動作しないと思います。

ありがとうございます。修正しました。

サンプル vol1/blocker のコード生成が失敗する - MAGRO: MCMC Another Gibbs Sampler Ticket #21022 on SourceForge.JP

Mon, 08 Mar 2010 13:40:17 +0900

サンプル vol1/blocker のコード生成が失敗する

Open Date: 2010-03-08 13:25

Last Update: 2010-03-08 13:40

Reporter:	udawtr	Owner:	udawtr
Priority:	5 - Medium	MileStone:	(None)
Type:	Bugs	Severity:	5 - Medium
Component:	(None)	Status:	Closed
Resolution	None

Details

classic-bugs サンプルの vol1/blockerサンプルを-codegenオプション付きで実行すると失敗する。

生成されたコードを見ると、sampler_real.c.cs から生成されたコードとされる箇所でコンパイルエラーになる。 NMATH_STATE*型変数を引き渡す処理の欠如と思われる。

Last Update of this Ticket

2010-03-08 13:40 Update by: udawtr

Ticket Close date set to 2010-03-08 13:40
Status Update from Open to Closed.