可視化蛋白質リガンド グラフ (VPLG) の super-secondary の構造レベルにおけるタンパク質の構造を記述するグラフ ベースのモデルを使用します。タンパク質-リガンドのグラフは、PDB ファイルと、DSSP アルゴリズムの二次構造の割り当ての原子座標から計算されます。このグラフでは、頂点端モデル、連絡先、およびそれらの間の相対的な方位二次構造要素 (, 通常 α へリックスや β 鎖) またはリガンド分子を表し。グラフは、可視化、データベースに書き込まれ、テキスト ベースのファイル形式で保存することができます。
